Chùa Báo Quốc do Thiền sư Giác Phong dựng vào cuối thế kỷ XVII, đời Chúa Nguyễn Phúc Tần. Đến năm 1747, Chúa Nguyễn Phúc Khoát ban cho chùa tấm biển "Sắc Tứ Báo Quốc Tự" có ghi dòng chữ: "Quốc Vương Từ Tế đạo nhân ngự đề”.
Thời Tây Sơn, chùa đã bị chiếm đóng và trưng dụng làm kho chứa diêm tiêu. Sau đó vào năm 1808, Hoàng Hậu Hiếu Khương cho tái thiết ngôi chùa, xây tam quan, đúc đại hồng chung, bảo khánh và đổi tên là chùa Hàm Long Thiên Thọ tự và mời thiền sư Phổ Tịnh làm trụ trì.
Thời Tây Sơn, chùa đã bị chiếm đóng và trưng dụng làm kho chứa diêm tiêu. Sau đó vào năm 1808, Hoàng Hậu Hiếu Khương cho tái thiết ngôi chùa, xây tam quan, đúc đại hồng chung, bảo khánh và đổi tên là chùa Hàm Long Thiên Thọ tự và mời thiền sư Phổ Tịnh làm trụ trì.
Vào thời Nguyễn, chùa đã được trùng tu nhiều lần. Năm 1808, Hoàng Hậu Hiếu Khương cho tái thiết ngôi chùa, xây tam quan, đúc đại hồng chung, bảo khánh và đổi tên là chùa Thiên Thọ. Thiền sư Phổ Tịnh được cử làm trụ trì trong thời gian này.
Năm 1824, vua Minh Mạng ngự thăm chùa và sắc lấy tên “Báo Quốc Tự“. Nhà vua đã tổ chức đại giới đàn tại chùa nhân lễ Vạn thọ tứ tuần đại khánh vào năm 1830.
Vào thời Nguyễn, chùa đã được trùng tu nhiều lần. Năm 1808, Hoàng Hậu Hiếu Khương cho tái thiết ngôi chùa, xây tam quan, đúc đại hồng chung, bảo khánh và đổi tên là chùa Thiên Thọ. Thiền sư Phổ Tịnh được cử làm trụ trì trong thời gian này. Năm 1824, vua Minh Mạng ngự thăm chùa và sắc lấy tên “Báo Quốc Tự“. Nhà vua đã tổ chức đại giới đàn tại chùa nhân lễ Vạn thọ tứ tuần đại khánh vào năm 1830.
Đến năm 1858, do chùa bị hư hỏng nhiều, vua Tự Đức và Hoàng Thái hậu Từ Dũ đã ban tiền trùng tu ngôi chánh điện và các công trình khác. Chùa đã được liên tục trùng tu, mở rộng đến cuối thế kỷ XIX.
Trong phong trào chấn hưng Phật giáo vào những năm 1930, chùa đã có nhiều đóng góp về mặt đào tạo tăng tài cho Phật giáo.
Đến năm 1858, do chùa bị hư hỏng nhiều, vua Tự Đức và Hoàng Thái hậu Từ Dũ đã ban tiền trùng tu ngôi chánh điện và các công trình khác. Chùa đã được sửa chữa, mở rộng đến cuối thế kỷ XIX.
Trong phong trào chấn hưng Phật giáo vào những năm 1930, chùa đã đào tạo nhiều vị cao tăng cho Phật giáo tỉnh.
Đến năm 1858, do chùa bị hư hỏng nhiều, vua Tự Đức và Hoàng Thái hậu Từ Dũ đã ban tiền trùng tu ngôi chánh điện và các công trình khác. Chùa đã được sửa chữa, mở rộng đến cuối thế kỷ XIX. Trong phong trào chấn hưng Phật giáo vào những năm 1930, chùa đã đào tạo nhiều vị cao tăng cho Phật giáo tỉnh.
Điện Phật được bài trí tôn nghiêm. Các tượng thờ đều đặt trong khung kính. Án thờ cao nhất ở gian giữa là tượng Phật Tam Thân và hai bộ kinh tạng Đại Thừa. Trước tượng Tam Thân là bảo tháp thờ xá-lợi Phật.
Điện Phật được bài trí tôn nghiêm. Các tượng thờ đều đặt trong khung kính. Án thờ cao nhất ở gian giữa là tượng Phật Tam Thân và hai bộ kinh tạng Đại Thừa. Trước tượng Tam Thân là bảo tháp thờ xá-lợi Phật.
Điện Phật được bài trí tôn nghiêm. Các tượng thờ đều đặt trong khung kính. Án thờ cao nhất ở gian giữa là tượng Phật Tam Thân và hai bộ kinh tạng Đại Thừa. Trước tượng Tam Thân là bảo tháp thờ xá-lợi Phật.
Chùa được xây dựng kiểu chữ “Khẩu” trong khuôn viên rộng khoảng 2 ha. Qua cổng tam quan cổ kính, đồ sộ, du khách đi qua một sân rộng, đến sân trong trồng nhiều cây tùng và các cây cảnh khác, có lan can bao bọc. Phía trái là khu tháp Tổ, cổ nhất là tháp Ngài Giác Phong, xây năm 1714, cao 3,30m.
Chùa được xây dựng kiểu chữ “Khẩu” trong khuôn viên rộng khoảng 2 ha. Qua cổng tam quan cổ kính, đồ sộ, du khách đi qua một sân rộng, đến sân trong trồng nhiều cây tùng và các cây cảnh khác, có lan can bao bọc. Phía trái là khu tháp Tổ, cổ nhất là tháp Ngài Giác Phong, xây năm 1714, cao 3,30m.
Chùa được xây dựng kiểu chữ “Khẩu” trong khuôn viên rộng khoảng 2 ha. Qua cổng tam quan cổ kính, đồ sộ, du khách đi qua một sân rộng, đến sân trong trồng nhiều cây tùng và các cây cảnh khác, có lan can bao bọc. Phía trái là khu tháp Tổ, cổ nhất là tháp Ngài Giác Phong, xây năm 1714, cao 3,30m.
Theo truyền thuyết, ở khu vực này ngày trước, có thầy phong thủy từ phương xa tới mong diện kiến nhà vua. Ông phán rằng, trước mặt kinh thành (đại nội Huế bây giờ) có một dãy núi thiêng với nhiều long mạch. Cùng với đó, ở đây mang nhiều điểm thần bí so với long mạch ở những nơi khác, biến hóa khôn lường, muôn hình vạn trạng, lúc to lúc nhỏ, lúc nhô cao lúc xuống thấp, lúc nghịch lúc thuận, lúc ẩn lúc hiện. Nơi đây hội tụ sinh khí thịnh vượng không đâu có được. Ở ngọn núi này có một con rồng dữ án ngự, để chế ngự nó, cần mời nhiều vị cao nhân về cúng bái mới có thể yểm long mạch...
Theo truyền thuyết, ở khu vực này ngày trước, có thầy phong thủy từ phương xa tới mong diện kiến nhà vua. Ông phán rằng, trước mặt kinh thành (đại nội Huế bây giờ) có một dãy núi thiêng với nhiều long mạch. Cùng với đó, ở đây mang nhiều điểm thần bí so với long mạch ở những nơi khác, biến hóa khôn lường, muôn hình vạn trạng, lúc to lúc nhỏ, lúc nhô cao lúc xuống thấp, lúc nghịch lúc thuận, lúc ẩn lúc hiện. Nơi đây hội tụ sinh khí thịnh vượng không đâu có được. Ở ngọn núi này có một con rồng dữ án ngự, để chế ngự nó, cần mời nhiều vị cao nhân về cúng bái mới có thể yểm long mạch...
Sau đó, chùa mời các thầy về yểm ở nhiều điểm. Quả nhiên, ngay sau đó, con rồng thiêng không còn quấy phá nhà vua và nhân dân nữa. Từ đó, ngọn núi ấy được đặt tên là Bình An Sơn và giếng Hàm Long với mục đích trấn yểm cũng từ đó mà hình thành. Ngoài ra, còn có thuyết kể rằng,
Sau đó, chùa mời các thầy về yểm ở nhiều điểm. Quả nhiên, ngay sau đó, con rồng thiêng không còn quấy phá nhà vua và nhân dân nữa. Từ đó, ngọn núi ấy được đặt tên là Bình An Sơn và giếng Hàm Long với mục đích trấn yểm cũng từ đó mà hình thành. Ngoài ra, còn có thuyết kể rằng, "buổi đầu lúc triều Nguyễn mới thành lập, thấy nước ở giếng thường trong và có vị ngọt, quan lại triều đình lấy nước đó tiến cho vua ngự dùng nên giếng cũng có tên là Giếng cấm" 
Theo lời kể của sư  Hòa thượng Thích Đức Thanh, trụ trì chùa Bảo Quốc, thì được biết rằng hiện nay chùa vẫn còn lưu giữ những bộ kinh rất quý. Đáng chú ý là bộ kinh do bà Thái hậu Từ Dũ tặng cho chùa, hiện bộ kinh vẫn còn được bảo quản khá nguyên vẹn. Bên cạnh đó, chùa cũng đã từng vinh dự đón Tổng Bí Thư Lê Duẩn đến thăm vào năm 1982.
     
 Theo lời kể của Hòa thượng Thích Đức Thanh, trụ trì chùa Bảo Quốc, được biết rằng hiện nay chùa vẫn còn lưu giữ những bộ kinh rất quý. Đáng chú ý là bộ kinh do bà Thái hậu Từ Dũ tặng cho chùa, hiện bộ kinh vẫn còn được bảo quản khá nguyên vẹn. Bên cạnh đó, chùa cũng đã từng vinh dự đón Tổng Bí Thư Lê Duẩn đến thăm vào năm 1982 và trước đó là Đại tướng Võ Nguyên Giáp.
 Theo lời kể của Hòa thượng Thích Đức Thanh, trụ trì chùa Bảo Quốc, được biết rằng hiện nay chùa vẫn còn lưu giữ những bộ kinh rất quý. Đáng chú ý là bộ kinh do bà Thái hậu Từ Dũ tặng cho chùa, hiện bộ kinh vẫn còn được bảo quản khá nguyên vẹn. Bên cạnh đó, chùa cũng đã từng vinh dự đón Tổng Bí Thư Lê Duẩn đến thăm vào năm 1982 và trước đó là Đại tướng Võ Nguyên Giáp.